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あるブログで見ただけなので、100%正確な情報ではないかもしれないのですが、東北のある県の税務署が、指定管理者に対し、自治体と指定管理者の間で締結する基本協定書の内容によっては印紙税が必要(=印紙を添付)かもしれないので、基本協定書及び年度協定書を税務署に持参するよう指導しているそうです。
税務署の指導ですから無視するわけにはいきませんが、何の知識もない状態で税務署に行くことは避けてください。指定管理料は高額なので、もし印紙をはらなければならないとすると、多額の費用負担が必要になります。
指定管理者の指定は、地方自治法の規定で「行政処分」となっており、契約行為ではありません。基本協定書は契約書のようにも見えますが、法的には行政が下した処分で、行政が処分を下した書面に印紙税は必要ない(印紙を添付する必要はない)という解釈が一番合理的です。
現に、全国の多くの税務署がこのような判断をしており、私が知っている限り、基本協定書に印紙を添付しなければならないという事例はありません。指定管理者制度が始まった当初、多くの自治体が税務署に印紙税の取扱いについて確認し、各税務署が国税庁に照会して解釈が定められているので、全国同じ取り扱いがなされているはずです。にもかかわらず、このような事例が発生したのは、指定管理者制度がまだ始まったばかりで、基本協定書を契約書だと勘違いしている税務署職員がいるからだと思います。
税務署職員の指導を鵜呑みにせず、自治体職員や税理士の協力を得て、税務署にていねいに説明してください。税務署職員の見解が変更されるということは、指定管理者制度に関して言えば珍しいことではないのです。
なお、この件については、最近、国税庁が「印紙が必要ない」との正式見解を出しており、基本協定書に印紙を貼ってしまった場合は、税務署に還付申告ができることとなりました。ただ、還付申告を行うためには、自治体が持っている基本協定書の原本を税務署に提出する必要があり、自治体から基本協定書を借りなければなりません。(指定管理者が持つ基本協定書は自治体に印紙税がかからないことから印紙が添付されてないはずです。)
この手続きは自治体によって異なるのですが、あまり前例のないケースなので時間がかかることが多いようです。時効にかからないよう早めに手続きを取ることが大切です。
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